Siêu chu trình sơ khai giành được lợi thế nhờ sự ghép nối chức năng: mỗi thể sao chép xúc tác cho sự sao chép của một đối tác, và đối tác đáp lại ân tình, nên các thành viên hỗ trợ lẫn nhau mà không cần gắn kết về mặt vật lý. Khó có thể hình dung quá trình dịch mã khởi đầu theo bất kỳ cách nào khác — một tập hợp các phân tử hợp tác thông qua các sản phẩm khuếch tán thay vì thông qua một bộ gen chung.

Hợp tác không phải là tích hợp

Một hệ thống thông tin ổn định sẽ đòi hỏi các đối tác hợp tác phải được di truyền cùng nhau như một thể thống nhất. Sự ghép nối chức năng không mang lại điều đó. Các phân tử được ghép nối vẫn là những khuôn mẫu độc lập, mỗi khuôn mẫu chịu sự sao chép, đột biến, khuếch tán và pha loãng riêng của chính nó, nên lợi ích của sự hợp tác không được truyền lại một cách đáng tin cậy. Bốn hạn chế kéo theo trực tiếp.

• Các đơn vị cạnh tranh riêng biệt. Mỗi thành viên có tốc độ sao chép và tốc độ đột biến riêng. Một biến thể sao chép nhanh hơn, hoặc đột biến thành dạng gọn nhẹ hơn, sẽ lan truyền dựa trên ưu thế của chính nó bất kể nó thuộc nhóm nào.
• Khuếch tán và pha loãng. Các sản phẩm xúc tác phải khuếch tán để tiếp cận đối tác của chúng; chính sự khuếch tán đó, cùng với sự luân chuyển của môi trường xung quanh, cũng loại bỏ các thành viên khỏi tập hợp. Sự liên kết mang tính thống kê, không bao giờ được đảm bảo.
• Hàng hóa công có thể bị lợi dụng. Xúc tác là một lợi ích chung. Một thể đột biến nhận hỗ trợ nhưng không đáp lại sẽ giành được lợi thế của nhóm mà không phải trả giá, và có thể xâm chiếm hệ thống được ghép nối.
• Không có sự đồng di truyền. Việc một khuôn mẫu sao chép không nói lên điều gì về việc các đối tác của nó có sao chép hay không. Các đối tác có thể bị mất đi một cách ngẫu nhiên, nên chức năng chung không thể di truyền như một tập hợp.

Hai con đường dẫn đến sự ổn định

Phân ngăn. Việc bao bọc tập hợp được ghép nối trong một túi hay tế bào nguyên thủy giữ cho các phân tử liên kết với nhau về mặt không gian. Vì các thành phần bên trong cùng di chuyển với nhau, chọn lọc có thể tác động lên cả nhóm như một gói thay vì lên từng phân tử riêng lẻ, và nồng độ cục bộ của các sản phẩm xúc tác tăng lên. Phân ngăn là một bước tiến thực sự, nhưng không phải là phương thuốc chữa trị tận gốc: cạnh tranh nội bộ giành nguồn lực chung và sự phân ly ngẫu nhiên các khuôn mẫu vẫn xảy ra bên trong ngăn.

Tích hợp cấu trúc. Việc hợp nhất các gen thành một polynucleotide hay nhiễm sắc thể duy nhất liên kết về mặt vật lý sự sao chép và di truyền của chúng. Giờ đây sự sao chép sao chép toàn bộ tập hợp cùng một lúc, bộ gen trở thành đơn vị chọn lọc, và các vấn đề khuếch tán và ăn gian phần lớn được loại bỏ vì các đối tác không còn có thể được di truyền riêng rẽ nữa.

Sự đánh đổi và bước chưa được giải quyết

Tích hợp cấu trúc không phải là miễn phí. Việc kết hợp nhiều gen vào một phân tử làm phình to bộ gen, và một bộ gen dài hơn tích lũy lỗi sao chép dễ dàng hơn, nên nó vấp phải giới hạn ngưỡng sai số về lượng thông tin ổn định mà nó có thể mang. Do đó, phân ngăn và tích hợp giải quyết được các vấn đề ăn gian và phân ly trong khi lại đưa vào những ràng buộc mới của riêng chúng.

Điều này để lại bước trung tâm chưa được giải quyết: ghép nối chức năng là một yêu cầu hợp lý cho sự khởi đầu của quá trình dịch mã, nhưng cuối cùng nó đã bị thay thế bằng tích hợp cấu trúc hoàn toàn, vì ngay cả những bộ gen tế bào nguyên thủy nhất được biết đến cũng là các đơn vị cấu trúc. Việc giải thích chính xác quá trình chuyển đổi từ ghép nối sang tích hợp đã đạt được như thế nào — và những tổ chức trung gian nào đã giúp điều đó trở nên khả thi — vẫn còn là một bài toán mở.